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Chem Windows不但可以畫二維分子結構，還提供了模擬三維分子結構的工具。在中文Windows環境可直接輸入漢字，所畫分子結構式可通過剪貼，放入Word等for Windows軟件編輯的文件中，還可利用其提供的程序轉換為其它多種圖形格式的文件，為其它應用軟件調用，如轉換為eps文件，可被Word for Dos、Word Perfect for Dos or Wordperfect for Windows調用。
Chem Windows 還附有詳細的化學元素周期表，提供了分子結構式的檢查、分子量計算和給出分子式formula，打開“other”菜單，選擇“check syntax”，如其發現分子式中存在不合規律的結構光標就會出現在有疑問的部位，以便你檢查后修改，選擇“Calculate Mass”即可給出分子式formula和分子量。
為了提供更多的工具而又保持桌面簡潔，chem Windows提供了許多后備的預制分子結構及符號，這些預制分子結構及符號存放在以cw2為擴展名的文件中，我們也可將自己常用的分子結構加入其中，使用時通過File菜單的Load加載，工具欄中就會添加這些預制分子結構及符號，這大大簡化了創作步驟。
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